El juego nos sitúa justo después de los acontecimientos sucedidos en Quake 2. La tierra vuelve a estar en guerra contra los alienígenas y nos vemos inmersos en el conflicto. Grandes trasbordardores espaciales lanzaban cápsulas con Marines a bordo en dirección a un planeta para su asalto. Justo después, una nave de un grupo de soldados de la Rhino Squad es interceptada y se ve obligada a realizar un aterrizaje forzoso al recibir un impacto. Al tomar tierra, pocos son los marines que quedan vivos, así que la misión principal de los supervivientes pasa a ser un intento de salir con vida de un aterrizaje entre las dos líneas de fuego.

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